从零基础到玩转,网络药理学3分左右的文章方法指南学起来!

发布时间:2024-04-19
中药网络药理学已发展成为一个新的交叉学科,它将网络科学、生物信息学、计算机科学和数学等学科的方法结合到中药药理的研究中

传统中药历史悠久,在治疗复杂慢性疾病方面具有独到的疗效和较小的毒副作用。但中药存在成分复杂、机制不清的问题,阻碍了中药的现代化和国际化。中药的物质基础和作用机理,尚需应用现代医学和生物科学技术,进行深入的研究。近年来,将系统生物学的思想和方法应用于中药研究中,正成为一种新的趋势。中药网络药理学已发展成为一个新的交叉学科,它将网络科学、生物信息学、计算机科学和数学等学科的方法结合到中药药理的研究中,从分子水平和分子网络调控的背景中阐明中药的作用机理。通过中药网络药理学的方法,可望使中药的理论研究和临床应用更加科学严谨,逐渐得到世界的认可。

 

中药网络药理学已成为近年来研究的热点和国家自然基金重点支持的领域,一系列的数据库及计算方法被开发出来。但是,对于临床医生、科研人员和硕博士研究生,尤其是没有生物信息学分析基础、不会编写计算机程序的初学者而言,如何合理地应用这些已有的数据库和计算方法,分析自己所研究的中药方剂,解释实验结果,仍然是一大难题。本期课程正是为解决此难点而推出:

 

课程特色

导师长期从事中药网络药理学的资深教授,结合个人实践经验,带领广大学员,从科研设计、项目具体实施以及SCI文章发表等多个方面,通过实际案例,介绍中药网络药理学的研究思路及具体方法,介绍网络药理学相关基金申请及课题设计,本课程可以提供电子版的ppt,会组建微信群,并把主讲教授邀请到微信群解答学员的疑问。

 

本次课程以SCI文章为案例主线,逐一详细剖析,全程电脑实战教学。理论与实践相结合,老师将以最简单易懂的方式,既介绍中药网络药理学的研究路线、发展状况和最新前沿进展,又介绍具体的数据库、工具和软件的使用,并在课堂上进行上机指导。本学习班全部采用免费数据库和在线分析工具,学员不需要编写程序。带领大家一步一步完成一篇3分SCI论文的全部分析

 

导师资质

生信博士毕业,从事生物信息学及中药网络药理学方面的研究10多年, 是国内最早从事网络药理学研究的资深研究人员,发表生物信息学、网络药理学及中药复方相关SCI数十篇,含多篇5分以上的文章,主持多项国家自然基金和省部级科研课题,获得多项省部级科研及教学奖项。讲课效果好,获得学员广泛好评。

 

课程适宜群体

各级医院临床医生、药师、科研单位研究人员、高校老师、硕/博士研究生、企业相关研发人员和对网络药理学和生物信息学感兴趣的广大同行。同样适合准备申请国自然、省自然基金,希望能够使用网络药理学和生物信息学的分析手段充实基金前期研究基础,提升基金逻辑性和故事性的老师和同学。(尤其适合初学者和无基础的学员,无需学习任何R语言,轻松解析中药复方/单体的作用机制,讲好故事,写好基金,做好课题,发好文章)

 

课程安排

中药网络药理学内容大纲

日期

时间

题目

课程内容

第一天上午

9:00-10:45

中药网络药理学简介

网络药理学的发展历程和研究现状简介

中药网络药理学SCI论文的详细剖析

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

中药网络药理学简介

中药网络药理学的核心问题

中药网络药理学的研究路线


12:00-13:30

午餐及午休

第一天下午

13:30-14:00

中药有效成分的查找

常用中药数据库及使用方法

14:00-15:30

中药网络药理学研究的数据来源

化合物结构信息、靶点、ADME信息查询

用中药数据库查询中药的成分、靶点

用药靶数据库查询化合物靶点

用化合物结构相似性预测化合物靶点

基于药效团模型预测化合物靶点

用分子对接验证化合物靶点

15:30-15:45

茶歇

15:45-18:00

疾病相关基因的查找及获得

用数据库查询疾病相关基因

分析GEO数据库中的基因芯片数据,获取疾病相关基因


18:00-19:30

晚餐

第一天晚上

19:30-20:40

基于AutoDock Vina软件分子对接

软件安装

下载小分子配体和蛋白受体的结构文件

准备配体文件和受体文件

确定对接区域(对接盒子)

建立配置文件及分子对接

分子对接结果输出

20:40-20:50

休息

20:50-22:00

网络药理学分析结果的验证

靶标验证

通路验证

药物效果验证


第二天上午

9:00-10:45

网络药理学的实用技能介绍(一)

基因ID转换

DAVID进行GO富集、通路富集、tissue富集、疾病基因富集分析;KEGGMetascapeMetaboAnalyst  通路分析

Connectivity   Map分析药物机制

10:30-10:45



10:45-12:00


基因功能相关网络构建

基因共表达网络构建


12:00-13:30

午餐及午休


第二天下午

13:30-15:30

网络药理学的实用技能介绍(二)

全基因组网络数据获取

Cytoscape软件构建和分析网络:网络构建;基本拓扑特征计算;重要节点识别;网络拓扑指标含义;模块分解;子网络提取;网络可视化;数据输入输出;图形导出;Cytoscape插件的安装和使用等

15:30-15:45



15:45-16:30


药物影响的子网络的构建、成分-靶点网络、成分-靶点-通路网络构建

常用图形绘制方法介绍

课程总结及文献分析

网络药理学课题设计、论文撰写、基金申请介绍

备注:携带电脑,方便跟随老师进行软件操作,上课软件为Cytoscape

另需安装ZOOM网络会议软件方可进行网络会议

 

 

上课时间

时间:4月2日-3日(2天1夜)

地点:线上

 

课程费用

3200元/人;

 

课程优惠

1.提前报名并付款的,可以预先拿到学习资料;

2. 三人组团报名,每人优惠100元;

3. 四人组团报名,每人优惠200元;

4. 五人组团报名缴费,额外带一人免费注册同价值学习班;

5、可额外缴纳500元,作为复听费用(复听同样的课程)。


咨询及报名方式


TEL:19166210316