circRNA整体解决方案

    拓普生物可为circRNA研究提供“高通量测序+生物信息学分析+下游功能验证”一站式服务。

circRNA简介

    circRNAs(Circular RNAs，环状RNA)是一类不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴，并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNA主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生，广泛存在于各种生物细胞中，具有结构稳定、丰度高、物种间保守性高，表达具有组织及时空特异性等特征。

    近年研究发现，circRNA可能具有重要的调控功能，circRNA可以作为“sponge”海绵吸附miRNA ，阻断miRNA对其靶基因的抑制作用；circRNA通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平；circRNA还能与蛋白质结合,调控蛋白的活性。由于circRNA对核酸酶不敏感，所以比线性RNA更为稳定，这些特点使得circRNA 在新型疾病诊断与治疗方法的开发应用上具有明显优势。但目前对circRNA的研究刚刚起步，其生物学功能和调控机制有待挖掘，是一个值得深入的研究方向。

circRNA研究方案

技术流程

      1、  筛选cirRNA（寻找差异表达的circRNA）：RNA-seq、芯片、生物信息学分析；

2、  circRNA鉴定及定位：RT-PCR、Sanger测序、Northern blot分析、RNA-Fish；

3、  circRNA 表达分析：细胞水平、组织水平、临床样本验证；

4、  circRNA体外功能验证：circRNA过表达或干扰、细胞转染、细胞划痕实验、transwell迁移和侵袭实验等；

5、  circRNA体内功能验证：circRNA过表达或干扰、或构建异种移植模型、免疫组织化学、RT-QPCR、WB等；

6、机制研究：序列预测比对、设计microRNA探针和circRNA探针、 RNA pulldown、RT-QPCR、 双荧光素酶报告系统确定结合位点。